משמו של החג ל"ג בעומר, ומהיותו אחד מימי ספירת העומר עולה המשמעות החקלאית של חג זה. ספירת העומר היא התקופה בין פסח לשבועות. במוצאי החג הראשון של פסח היו מניפים את העומר, ראשית קציר השעורים בבית המקדש. ומיום זה, על פי מצוות התורה היו סופרים שבעה שבועות עד חג השבועות:

"וספרתם לכם ממחרת השבת מיום הביאכם את עומר התנופה, שבע שבתות תמימות תהיינה, עד ממחרת השבת השביעית תספורו חמישים יום."

(ויקרא כ"ג ט"ז-י"ז)

​

יש המסבירים את מנהגי האבל בתקופה זו על רקע תקופת הקציר שחלה בעונה זו. לפי דעה זו האיכרים נהגו למעט בשמחה בתקופה זו מחשש למפגעים השונים העלולים לבוא על היבולים כי זוהי תקופה קשה לחקלאות: מזג אוויר בלתי יציב, חמסינים קשים עלולים לגרום לתבואה להבשיל במהירות רבה מדי, גם גשמי סוף האביב ורוחות חזקות גורמים נזקים לחיטה, החיטה רגישה למחלות שונות וכשהיא מבשילה יש חשש גדול משריפות: "ישמור לנו מרוחות רעים ומטללים רעים. ומאימתי? באלו שבעה שבועות שבין פסח לעצרת"

(ויקרא רבה כ"ה, ג')

 

עדויות לך נמצא בקטעים הבאים: 

"מפני שהעולם בצער מפסח ועד שבועות על התבואה ועל האילנות לפיכך ציווה הקב"ה לספור ימים אלו, כדי שנזכור צער העולם שיהיו התבואות כתיקונן. שהן סיבת חיינו, שאם אין קמח אין תורה"

(ספר אבודרהם 1340 לספירה, ע' רמ"א)

"ואומר על כך בעל ספר התודעה: שבעה שבועות אלה, כיוון שבהם תלויה פרנסת כל השנה לשובע או חס ושלום לרזון, ובהם נפתחים אוצרות של ברכה או חס וחלילה קללה לכל השנה כולה... לכך ניתנו (הימים) לספירה מן העומר לראות כמה מן הימים האלה שבין קציר לקציר, כבר יצאו שלא בפורענות והם תמימים היו ויתפלל עליהם שתמימים יהיו כולם עד סוף ספירתם, שיכלה קציר חיטים ותבוא להם ברכה ושובע וחיים לכל העולם בכל השנה... כיוון שהימים ימי התגברות הדינים ונמשכים חמישים יום רצופים, על כן גדולה החרדה שכולם יעברו בשלום"

(ספר התודעה ע' רמ"ה)

החשש מפני הפגיעה ביבולים ברוחות קדים, מזיקים, או שריפות הביא את האיכרים לחשוש מלנהוג ימי שמחה עד שיעבור הקציר ואפשר יהיה לשמוח. יתכן שאת סיום ימי האבל סימל טקס הבאת שתי הלחם בשבועות לבית המקדש, כאות תודה על הצלחת היבולים.