אחת המסורות משייכת את ל"ג בעומר לסיפורו של רבי שמעון בר יוחאי, תלמידו של רבי עקיבא. כמו המסורת הקשורה במרד בר כוכבא , גם מסורת זו מקשרת בין ל"ג בעומר לבין המרד ברומאים. פעילותו של רבי שמעון בר יוחאי היתה בתקופה שלאחר מרד בר כוכבא. הוא נזכר כמי שהתבטא כנגד הרומאים ומשום כך נאלץ לברוח ולהסתתר במערה בפקיעין במשך 13 שנה, יחד עם בנו אלעזר.

 

האגדה מן התלמוד:

שישבו רבי יהודה (בר עילאי) ורבי יוסי (בר קיסמא) ורבי שמעון (בר יוחאי) וישב יהודה בן גרים איתם. פתח רבי יהודה ואמר: כמה נאים מעשיהן של אומה זו: תקנו שווקים, תקנו גשרים, תקנו מרחצאות. רבי יוסי שתק. נענה רבי שמעון בן יוחאי ואמר: כל מה שתקנו - לא תקנו אלא לצורך עצמן, תקנו שווקין - להושיב בהן זונות, מרחצאות - לעדן בהן עצמן, גשרים - ליטול מהן מכס. הלך יהודה בן גרים וסיפר דבריהם, ונשמעו למלכות. אמרו: יהודה שעילה - יתעלה, יוסי ששתק - יגלה לציפורי, שמעון שגינה – יהרג.

(תלמוד בבלי שבת לג ע"ב)

*שלושת החכמים הם תלמידיו של רבי עקיבא שהוסמכו על ידו לאחר מרד בר כוכבא והמשיכו את פיתוח התורה שבעל פה. דבריהם מהווים בסיס להלכות רבות במשנה אשר נערכה כמה עשרות שנים מאוחר יותר בשנת 200 לספירה לערך בידי רבי יהודה הנשיא. בתקופת שהותו במערה כתב, על פי המסורת, רבי שמעון בר יוחאי את ספר הזוהר שהוא היסוד לתורת הקבלה, ומשום כך נקשרו מנהגים קבליים רבים לל"ג בעומר. יש הקושרים גם את מנהג היציאה בחץ וקשת אל השדות ומסבירים זאת על פי הסיפור שבימיו של רבי שמעון בר יוחאי לא נראתה הקשת בענן המסמלת את ההגנה בפני פורענויות, משום שזכותו של רבי שמעון בר יוחאי היא שהגנה כל ימי חייו על העם מפני הפורענות.
המסורת קבעה כי רבי שמעון בר יוחאי קבור בהר מירון וישנן עדויות מימי הביניים כי עולי רגל יהודיים היו נוהגים לעלות לקברו להדליק נרות ולהתפלל. הקבלה קבעה את יום הולדתו, יום הסמכתו לרב, יום חתונתו ויום מותו לל"ג בעומר. כאשר הגיעו המקובלים לצפת במאה ה – 16 הם הנהיגו הילולה על קברו בל"ג בעומר, זכר לתאריכים הללו. מנהג העלייה לרגל למירון נשאר עד היום. עשרות אלפי אנשים מגיעים אל הקבר בתקופת ל"ג בעומר מדליקים נרות ומדורות, מתפללים ושמחים. מנהג מרכזי הוא מנהג ה"חאלאקה" התספורת הראשונה של בנים בני שלוש שני.